In der Regierung werden verschiedene Ressorts den Bundesministerinnen und den Bundesministern zugeordnet. Zusammen mit der Bundeskanzlerin oder dem Bundeskanzler bilden sie das Bundeskabinett. Die Bundesministerien sind die höchsten Bundesbehörden in den Ressorts. Die Ministerien sind in der deutschen Geschichte immer mehr ausdifferenziert worden. Im 19. Jahrhundert wurden Ministerien erstmals bestimmten Ressorts zugeordnet. In Deutschland gehört zu den klassischen Ministerien, die Ministerien für Verteidigung, Finanzen und Justiz oder die Ministerien des Inneren und des Auswärtigen. Das Auswärtige Amt hat den höchsten Stellenwert und ist mit dem Vize-Kanzler besetzt. Insgesamt gibt es heute 14 Ministerien. Das kleinste Ministerium ist das Bundesministerium für wirtschaftliche Zusammenarbeit und Entwicklung. Nicht alle Ministerien sind in der Hauptstadt Berlin ansässig. In Bonn sind das Verteidigungsministerium, das Bundesministerium für Gesundheit, das Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz und Reaktorsicherheit, das Bundesministerium für Bildung und Forschung und das Bundesministerium für wirtschaftliche Zusammenarbeit und Entwicklung. Das Auswärtige Amt (AA) hat zwei Dienstsitze, in Berlin am Werderscher Markt, und in Bonn in der Adenauerallee. Das Auswärtige Amt gliedert sich in 10 Abteilungen mit unterschiedlichen Aufgaben. In der Hierarchie der Bundesministerien folgen dem Bundesminister die parlamentarischen Staatsminister, die Staatsekretäre, die Ministerialdirektoren, die Ministerialdirigenten, die Ministerräte und die Regierungsdirektoren sowie weitere Besoldungsgruppen.
Das Bundesministerium des Innern (BMI) ist vor allem für die Sicherheit der Bürger und die politische Willensbildung zuständig. Auch Themen wie Sport, Katastrophenschutz oder Migration fallen in die Kompetenz des Ministeriums in Berlin. Das Bundesministerium für Justiz (BMJ) in Berlin, bereitet in erster Linie die Gesetzte vor oder kümmert sich um Änderungen oder Aufhebungen. Das Ministerium ist für die klassischen Bereiche des Rechts wie Zivilrecht, Strafrecht oder Handels- und Wirtschaftsrecht zuständig. Auch für den Verbraucherschutz oder die justizielle Zusammenarbeit mit der EU ist das Ministerium zuständig. Das Bundesministerium der Finanzen (BMF) ist ein klassisches Ministerium. Kernaufgabe des Finanzministeriums ist die Ausgestaltung der Finanzpolitik und die Mitwirkung bei der Wirtschaftspolitik. Das Finanzministerium hat eine zentrale Steuerungsrolle bei der Ausgestaltung der Regierungspolitik. Vor allem die Gestaltung des Haushalts gehört zu den Kernaufgaben des Ministeriums. Durch den Bundeshaushalt werden auch die anderen Ministerien finanziell ausgestattet. Der Bundesminister für Finanzen hat ein Widerspruchsrecht bei finanzpolitischen Entscheidungen der Regierung. Das Ministerium ist u.a. auch zuständig für das Bundesvermögen, den Zoll und natürlich die Steuerpolitik.
Das Bundesministerium für Wirtschaft und Technologie (BMWi) hat Dienstsitze in Berlin und Bonn. Das Wirtschaftsministerium hat verschiedene Zielsetzungen, um den Wohlstand zu fördern. Ein Ziel des Wirtschaftsministeriums ist die Förderung von neuen Technologien und Innovation, um neue qualifizierte Arbeitsplätze in Deutschland zu schaffen. Dauerhafte Wachstumschancen sollen durch die Wirtschaftspolitik geschaffen werden. Zum Geschäftsbereich des Ministeriums gehören sechs Behörden, u.a. das Bundeskartellamt oder die Bundesnetzagentur in Bonn. Das Bundesministerium für Arbeit und Soziales (BMAS) ist ein weiteres wichtiges Bundesministerium mit Dienstsitzen in Berlin und Bonn. Die Arbeitsmarkt- und Beschäftigungspolitik spielt die zentrale Rolle in der Behörde. Themen der Behörde sind u.a. auch Rente, Arbeitsrecht, soziale Sicherung oder die Teilhabe behinderter Menschen am Arbeitsprozess. Das Bundesministerium für Ernährung, Landwirtschaft und Verbraucherschutz (BMELV) hat Dienstsitze in Bonn und Berlin und beschäftigt sich u.a. mit Themen wie den Landwirtschaftsbetrieben, den nachwachsende Rohstoffe, dem Tierschutz, der Forstwirtschaft, der Fischerei oder den Lebensmitteln. Das Ministerium besteht aus sieben Abteilungen und weiteren Unterabteilungen. Zu den unterstellten Bundesoberbehörden gehört das Bundesamt für Verbraucherschutz und Lebensmittelsicherheit (BVL) in Braunschweig und das Bundessortenamt in Hannover.
Das Bundesamt für Verteidigung hat seinen Sitz in Bonn auf der Hardthöhe und in Berlin. Zu den zentralen Ressorts gehört die militärische Verteidigung. Hier wird die Planung der Militärpolitik umgesetzt. Das Ministerium führt die Teilstreitkräfte Heer, Marine und Luftwaffe. Alle Weisungen und Befehle für die Bundeswehr ergehen durch das Ministerium. Der Bundesverteidigungsminister hat die Befehls- und Kommandogewalt in Friedenszeiten. Im militärischen Bereich des Verteidigungsministeriums gibt es sechs Führungsstäbe, u.a. auch für den Sanitätsdienst und die Auslandseinsätze der Bundeswehr. Der ranghöchste Soldat der Bundeswehr ist der Generalinspekteur, der auch Berater der Bundesregierung ist und unter anderem für die Entwicklung der Gesamtkonzeption der Verteidigung zuständig ist. Das Bundesministerium für Familie, Senioren, Frauen und Jugend (BMFSFJ) hat seinen Sitz in Berlin und Bonn. Hier spielt vor allem die Familienpolitik eine zentrale Rolle. Das Bundesministerium für Gesundheit (BMG) hat seinen Dienstsitz in Bonn und Berlin. Ein zentrales Thema ist Sicherung und Fortentwicklung der gesetzlichen Kranken- und Pflegeversicherungssysteme. Vor allem die Reform des Gesundheitswesens steht im öffentlichen Fokus. Das Gesundheitsministerium ist auch die Kompetenzbehörde bei der Festsetzung der Rahmenbedingungen für die Herstellung und den Vertrieb von Arzneimitteln.
Neben der nationalen Gesundheitspolitik wird auch die europäische Gesundheitspolitik mitgestaltet. Zu den Geschäftsbereichen des Bundesgesundheitsministeriums gehören u.a. auch das Robert-Koch-Institut, die Bundeszentrale für gesundheitliche Aufklärung oder das Deutsche Institut für Medizinische Dokumentation oder das Bundesinstitut für Arzneimittel und Medizinprodukte. Zum Aufgabengebiet des Ministeriums gehört die Ausgestaltung und Kontrolle der Berufsgesetze für die Zulassung bei Heil- und Gesundheitsberufen. Das Bundesministerium für Verkehr, Bau und Stadtentwicklung (BMVBS) hat Dienstsitze in Berlin und Bonn. In dem Ministerium sind alle Zuständigkeiten für die baulichen und verkehrstechnischen Infrastrukturen gebündelt. Eine untergeordnete Behörde ist das Kraftfahrtbundesamt (KBA) in Flensburg. Der Bundesminister des Ministeriums ist in Personalunion Beauftragter der Bundesregierung für die neuen Bundesländer. Das Ressort ist der wichtigste Investitionsbereich der Bundesregierung.
Das Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz und Reaktorsicherheit (BMU) sitzt in Bonn und Berlin. Vor allem die Schaffung einer modernen Umweltpolitik steht im Fokus des Ministeriums. Zu dem Geschäftsbereich gehören das Bundesumweltamt, das Bundesamt für Naturschutz und das Bundesamt für Strahlenschutz. Das Bundesministerium erarbeitet u.a. mit dem Bundesumweltamt die Rechts- und Verwaltungsvorschriften beim Klimaschutz, der Luftreinhaltung, der Lärmbekämpfung oder der Abfall- und Wasserwirtschaft aus. Rund 1,4 Milliarden Euro stehen dem Ministerium im Jahr 2009 zur Verfügung. Das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) hat seinen Dienstsitz in Bonn und Berlin. Das Ministerium hat einen Haushalt von rund 10 Milliarden Euro und setzt vor allem auf Wachstum durch den Innovationsstandort Deutschland. Auch die Förderung von qualifizierter Bildung spielt eine zentrale Rolle. Das Ministerium ist auch umtriebig bei der Förderung von Wissenschaft und Forschung. Es gibt zahlreiche aufgelegte Förderprogramme für diese Bereiche. Das Bundesministerium für wirtschaftliche Zusammenarbeit und Entwicklung (BMZ) hat seinen Dienstsitz in Bonn und Berlin. Hier geht es vor allem um die internationale Entwicklungspolitik, um Armut, gewaltsame Konflikte oder ökologische Zerstörung international zu bekämpfen. Zentrale Themen der Entwicklungspolitik sind Armut, Bildung, Ernährung, Frieden, Gesundheit, Menschenrechte, Umwelt und Wirtschaft. Der Etat für die Entwicklungsarbeit des Bundesministeriums liegt im Haushalt 2009 bei rund 680 Millionen Euro.