Der Begriff Justiz wird auch für die Rechtspflege verwendet und umfasst die Gerichte und andere Organe. Die obersten Justizbehörden sind das Bundesministerium der Justiz und die Landesministerien für Justiz. Das Bundesjustizministerium hat die Aufgaben in den Bereichen der bundesweiten Gesetzgebung und der Verwaltung. Gesetzesvorlagen für den Bundestag werden hier vorbereitet. In den Geschäftsbereich des BMJ fallen die Gerichte und Behörden: der Bundegerichtshof in Karlsruhe, die Generalbundesanwaltschaft in Karlsruhe, das Bundesverwaltungsgericht in Leipzig, das Bundespatentgericht in München, das Bundesamt für Justiz in Bonn, der Bundesfinanzhof in München und das deutsche Patent- und Markenamt in München. Die Justizministerien der Länder sind für die Gerichte und Staatsanwaltschaften sowie den Justizvollzug in den Ländern verantwortlich. Die Ministerien für Justiz arbeiten bei Landesgesetzen, oder bei Gesetzten, die sich auf die Bundesebene beziehen, zusammen. Die Koordination und Abstimmung von justiz- und rechtspolitischen Themen geschieht über die Konferenz der Justizminister der Länder. Die rechtspolitische Entwicklung ist von der Justizministerkonferenz stark beeinflusst. Der Bereich der deutschen Rechtspflege umfasst die ordentlichen Gerichte aller Gerichtsbarkeiten, die Staatsanwaltschaften, die Rechtspfleger, die Gerichtsvollzieher, die Urkundenbeamten und die Notare. Welches Gericht zuständig ist, regelt u.a. die anwendbaren Verfahrensgesetze wie die Zivilprozessordnung oder Strafprozessordnung. Das deutsche Gerichtsverfassungsgesetz regelt die ordentliche Gerichtsbarkeit wie die Zivil- und Strafgerichtsbarkeit.
Das Gerichtsverfassungsrecht regelt unter anderem die Einrichtungen, den Aufbau oder die Zuständigkeiten der deutschen Gerichte. Man unterscheidet in ordentliche Gerichtsbarkeiten (Zivil- und Strafprozesse) und in Fachgerichtsbarkeiten wie Arbeitsgerichte oder Sozialgerichte. Zentrales Organ, um eine einheitliche Rechtsprechung zu gewährleisten, ist der Gemeinsame Senat, eine Einrichtung der obersten Bundesgerichte. Der Gemeinsame Senat der obersten Gerichtshöfe des Bundes hat seinen Sitz in Karlsruhe. In Deutschland gibt es fünf Gerichtszweige: die ordentliche Gerichtsbarkeit, die Verwaltungsgerichtsbarkeit, die Sozialgerichtsbarkeit und die Finanz- und Arbeitsgerichtsbarkeit. Die Verfassungsgerichte kommen noch hinzu. Es gibt bestimmte Rechtswege, die eingehalten werden müssen, bis es zum Streitfall vor dem Verfassungsgericht kommt. Ein Kläger muss den Gang durch die Fachgerichte gehen. Es gibt allerdings auch unter bestimmten Gründen Ausnahmen. Der Bürger hat grundsätzlich einen Rechtsschutz, um sein Recht über die unabhängigen Fachgerichte geltend zu machen. Die Gerichte der Länder werden Landgerichte genannt. Hierzu gehören zum Beispiel die ordentlichen Oberlandesgerichte, Landgerichte und Amtsgerichte sowie die Fachgerichte der Länder. Es gibt in jedem Land oder Staatstaat Verfassungsgerichte, die Verfassungsgerichtshof oder Staatsgerichtshof heißen können. Hier geht vor allem um staatsorganisatorische Streitigkeiten.
Die zwei supranationalen Gerichte auf europäischer Ebene sind der Europäische Gerichtshof (EuGH) und der Europäische Gerichtshof für Menschenrechte. Der EuGH ist die höchste richterliche Instanz in der Europäischen Union. Hier soll vor allem die einheitliche Auslegung der europäischen Rechtsprechung gewährleistet werden. Das Europäische Gericht der ersten Instanz wurde 1988 ins Leben gerufen und soll den EuGH entlasten. Das Gericht beschäftigt sich vor allem mit den Klagen der Bürger. Es gibt auch eine spezialisierte Gerichtskammer, das Gericht für den öffentlichen Dienst in der Europäischen Union, das sich mit Rechtsstreitigkeiten zwischen Gemeinschaften und ihren Beamten befasst. Das europäische Recht wird als eine selbstständige Rechtsordnung gesehen, die sich mit den Subjekten der Mitgliedsstaaten und den Bürgern beschäftigt. In der Vergangenheit wurde oft der Europäische Gerichtshof angerufen, um wichtige europäische Entscheidungen zu treffen. Eine der bekanntesten Entscheidungen war das Bosman-Urteil im Jahr 1995, das die Restriktionen gegen ausländische Fußballspieler zu Fall brachte. Seit 2007 dürfen zum Beispiel beliebig viele Ausländer in den Proficlubs spielen.
Immer wichtiger werden außergerichtliche Einigungsstrukturen. Es gibt zum Beispiel in den Ländern Schlichtungsstellen, die einen Streit kostengünstiger als vor Gericht beenden. Privatklagen werden zum Beispiel auch durch außergerichtliche Schiedsverfahren angeboten. Liegt allerdings ein öffentliches Interesse vor, so kann den Staatsanwalt Klage erheben. Dies betrifft zum Beispiel Tatbestände wie Körperverletzung, Hausfriedensbruch oder Sachbeschädigung. Die Kontakte zu Schiedspersonen bekommt man zum Beispiel bei den Amtsgerichten oder den Gemeindeverwaltungen. Auch die Mediation durch neutrale Vermittlerpersonen ist ein außergerichtliches Mittel, um vor allem familiäre Streitigkeiten zu beenden. Teilweise gibt es die Beratungsstellen in staatlicher oder freier Trägerschaft. Vor allem auch bei Scheidungen können die Mediatoren helfen, eine vernünftige und oft kindergerechte Lösung zu finden.