Die Finanzämter sind die Ortsbehörden der Bundesländer, die zusammen mit dem Bund die Finanzverwaltung organisieren. Das Gesetz über die Finanzverwaltung enthält die allgemeinen Verwaltungsverfahrensgesetze. Die Finanzverwaltung (oder auch Steuerverwaltung genannt) gliedert sich in Verantwortungen des Bundes und der Länder. Die oberste Landesbehörde ist Finanzministerium. Die Mittelbehörden sind die Oberfinanzdirektionen, die eine Dienst- und Fachaufsicht auf die angeschlossenen Finanzämter haben. Die deutschen Finanzämter sind grundsätzlich für die regionalen Steuerverwaltungen zuständig. Die Ausnahmen bilden Steuern, die durch die Gemeinden verwaltet werden oder Zölle und Verbrauchssteuern, die in das Hoheitsgebiet der Bundeszollverwaltung fallen. Auf Länderebene gibt es auch die zuständigen Finanzgerichte. Das Aufkommen an Steuern in den Oberfinanzdirektionen bzw. den Finanzämtern umfasst die Einnahmen an: Einkommenssteuer, Umsatzsteuer, Körperschaftssteuer, Lohnsteuer, Kapitalertragssteuer, Zinsabschlagsteuer, Solidaritätszuschlag, Kraftfahrzeugsteuer, Grunderwerbsteuer, Erbschaftssteuer, Lotteriesteuer und sonstigen Steuern. Die Finanzämter erfassen und verwalten pro Direktion rund 13 Steuern. Heute sind zum Teil die Oberfinanzdirektionen in den Ländern aufgelöst worden und es sind Landesämter für Steuern geschaffen worden. Die Automatisierung der Finanzverwaltung spielt heute eine wichtige Rolle. Zur bundesweiten Abwicklung der Steuererklärungen und der Steueranmeldungen wurde das elektronische Systemprojekt ELSTER ins Leben gerufen. Zentraler Koordinator des Projektes ist das bayrische Landesamt für Steuern in München. Das Betriebssystem ist auf die gängigen Windows-Programme (und inzwischen auch anderen Betriebssystemen) ausgelegt und soll den Verwaltungsaufwand der Ämter minimieren. Grundsätzlich sind seit dem Jahr 2005 alle steuerpflichtigen Arbeitnehmer und Unternehmen verpflichtet ihre Lohnsteuer- und Umsatzsteueranmeldung sowie die Lohnbescheinigung der Arbeitnehmer elektronisch über das System abzuwickeln.
Unter bestimmten Fällen kann eine Befreiung erfolgen. Hierzu gibt es schon erste Urteile, zum Beispiel des Finanzgerichtes Hamburg. Abzuwarten bleibt, wie die weitere rechtliche Entwicklung bei ELSTNER fortschreitet. Im Jahr 2008 wurden zum Beispiel 41 Millionen Umsatzsteuervoranmeldungen elektronisch getätigt. Für die Mitarbeiter der Finanzämter gibt es heute viele Herausforderungen, die vor allem durch die veränderten Gesetzesänderungen und die fortschreitende Automatisierung geprägt sind. Durch das Bundesfinanzministerium werden immer wieder die fehlenden Steuerprüfungen angemahnt. Heute fehlt es vor allem auch an Personal zu den Steuerprüfungen. Auch sind die Bundesländer nur zum Teil bereit die zusätzlichen Steuerprüfungen durchzuführen. Vor allem ausländische Investoren möchte man nicht mehr vergraulen als bisher. Immer wieder entdecken die Steuerprüfer Milliarden von Steuern im Jahr bei ihren Unternehmensprüfungen. Insbesondere auch der Länderfinanzausgleich führt dazu, dass in den wirtschaftsstärksten Bundesländern die geringste Prüfungsdichte herrscht. Man schätzt, dass rund 12 Milliarden Euro so jährlich verloren gehen.