Die Gesundheitsdienststrukturen sind von Bundesland zu Bundesland unterschiedlich. Die lokalen Instanzen sind die Gesundheitsämter. Die Aufgaben des öffentlichen Gesundheitsdienstes sind sehr vielschichtig und hängen von den Richtlinien des Bundes, der Länder und der EU ab. Zur Gesundheitsfachverwaltung gehören die lokalen Gesundheitsämter. Es gibt staatliche und kommunale Gesundheitsämter. Staatliche Gesundheitsämter sind meist in die Landratsämter eingegliedert. Die Gesetze der Länder regeln die Verwaltungsstruktur und die Aufgaben. Manche kommunalen Gesundheitsämter sind heute in den Landratsämtern und haben teilweise auch andere Namen wie Fachdienst Gesundheit oder Behörde für Gesundheit. Der Fachdienst Gesundheit oder die Gesundheitsämter werden von einem Amtsarzt geführt. Die Weiterbildungen der Ärzte zum Amtsarzt werden durch die Ärztekammern der Länder bestimmt. Es gibt meistens verschiedene Abteilungen innerhalb der Gesundheitsämter. Je nach Bundesland können sehr unterschiedliche Schwerpunkte gesetzt werden. Zu den Schwerpunkten gehört zum Beispiel der Bereich der Umwelthygiene. Gemeinschaftseinrichtungen werden auf die Hygienevorschriften überprüft. Auch werden das Trinkwasser oder die Gewässer und Seen überprüft. Manche Ämter bieten auch umweltmedizinische Beratungen an. Auch der Infektionsschutz spielt eine wichtige Rolle. Hier spielt zum Beispiel die Lebensmittelhygiene oder Krankheiten wie AIDS eine Vorsorgerolle. Auch die Grippe und andere Infektionen fallen unter das Aufgabengebiet beim Infektionsschutz der Gesundheitsämter.
Die Gesundheitsämter haben auch einen Kinder- und Jugendärztlichen Dienst. Ein zentrales Thema ist die Gesundheitsförderung. Hierunter fallen zum Beispiel die Ernährungsberatung, die Schwangerschaftsberatung, die Suchtaufklärung, die Sexualaufklärung oder die Mütterberatung. Weitere Beratungen finden zum Beispiel zu den Themen Behindertenberatung oder Schulgesundheitspflege statt. Meistens gibt es auch einen sozialpsychiatrischen Dienst, der sich um psychisch problematische Menschen kümmert. Zur Kontrolle der Hygiene von Gemeinschaftseinrichtungen oder bei Veranstaltungen werden häufig die Ordnungsämter eingebunden. Eine zentrale Aufgabe ist auch die Kontrolle bei Schuleingangsuntersuchungen. Die Wohlgefährdung von Kindern spielt heute eine zentrale Rolle bei der Arbeit der Gesundheitsämter, die mit den Jugendämtern eng zusammenarbeiten. Hier geht es zum Beispiel um die Kontrolle von Vorsorgeuntersuchungen für junge Menschen. Auch die Einbindung der niedergelassenen Kinderärzte ist sehr wichtig, um die Kindesgesundheit staatlich zu garantieren. Die Landesgesundheitsgesetze sind teils in den letzten Jahren den neuen Anforderungen angepasst worden. In machen Bundesländern ist auch eine neues Berichterstattungswesen eingeführt worden, um auf kommunaler Ebene einen effizienteren Gesundheitsdienst anzubieten.