Wissenschaftliche Softwares gibt es vor allem zu naturwissenschaftlichen Fächern wie Mathematik, Physik, Chemie oder Biologie. Im Internet findet man eine Vielzahl an wissenschaftlichen Programmen, die es vor allem im Hochschulbereich in englischer Sprache gibt. Traditionell werden in den USA an den Universitäten viele anwendungsspezifische Programme geschrieben und vermarktet. Bei den populären Programmiersprachen, die als Maschinensprachen auf dem Markt sind, kommen viele Open-Source-Softwares aus den universitären Bereichen. Viele wissenschaftliche Programme verfügen heute über audiovisuelle Features, zum Beispiel mit geometrischen Zeichenprogrammen und 3D-Animationen. Zu den wissenschaftlichen Programmen zählen unter anderem auch die CAD-Softwares, die es für viele technische Berufe gibt. CAD- und CAE-Softwares findet man zum Beispiel in Themenbereichen wie der Architektur, dem Maschinenbau, dem Fahrzeugbau oder der Elektrotechnik (s. Artikel CAD). Wissenschaftliche Programme können über sehr unterschiedliche Leistungsmerkmale verfügen. Zu den Features hochwertiger Softwares gehören zum Beispiel: komplexe Datenorganisationssysteme und Verwaltungs-Tools, Statistikanwendungen, Diagramme, zwei- und dreidimensionale Simulationen oder Taschenrechner. Spezielle Programme mit vielen Features findet man im Internet zur Astronomie oder Chemie. Gerade bei Chemie spielen die komplexen dreidimensionalen Animationen eine große Rolle zur Wissensvermittlung. Für Kinder, Jugendliche und Erwachsene findet man im Netz einige interessante Wissenschaftsprogramme, die primär naturwissenschaftliches Grundwissen vermitteln.
Im Internet findet man viele Open-Source-Softwares, die teils über Jahre und Jahrzehnte von Anwendern für wissenschaftliche Forschungszwecke weiterentwickelt wurden. Vor allem auch das Betriebssystem Linux ist bei wissenschaftlichen Usern als Open-Source-Produkt mit offenem Quellcode beliebt. Zu den Computerprogrammen mit freien Lizenzen, die als Computer-Algebra-System (CAS) permanent weiterentwickelt werden, gehört Maxima. Maxima ist eine freie Softwarelizenz, die plattformunabhängig ist und symbolische und nummerische Aufgaben lösen kann. Zu den wissenschaftlichen Programmen gehören die Statistiksoftwares, die es unter anderem zur Programmiersprache R gibt. Die freie GNU General Public License der Programmiersprache R gibt es seit Mitte der 1990er Jahre. Die Software ist sehr populär mit ihren Entwicklungsumgebungen bei statistischen Rechenaufgaben und den statistischen Grafiken. Die freie Programmiersprache R läuft unter anderem auf den aktuellen Versionen von Windows und Mac OS. Spezielle Softwares findet man bei Spezialentwicklern unter anderem zu medizinischen Forschungsprozessen. Im medizinischen Bereich gibt es leistungsstarke Patientenverwaltungssoftwares oder auch Labormanagementsysteme. In der medizinischen Forschung findet man unter anderem Softwares zur Auswertung medizinischer Daten, die zum Beispiel bei Forschungsprojekten für Medikamente anfallen. Man kann mit diesen Programmen problemlos grafische Diagramme erstellen oder visuelle Animationen einbauen.