Die Kirchenmusik hat eine lange wissenschaftliche Tradition und wird an Kirchenmusikschulen, staatlichen Musikhochschulen und Akademien gelehrt. Zu den Ausbildungsfächern gehören zum Beispiel das Orgelspiel, die Chor- und Orchesterleitung, der Liturgische Gesang, die Gehörbildung, die Populärmusik und natürlich die Kirchenmusikgeschichte. Die Musik- und Religionspädagogik spielt in den Bereich der Kirchenmusik stark mit ein und soll Menschen durch die Musik zum Glauben bringen. Zu den wissenschaftlichen Fächern können auch Themenfelder wie die allgemeine Musikgeschichte oder die Literaturkunde gehören. Auch der Bereich des Orgelbaus wird gelehrt. Kirchliche Fächer beschäftigen sich mit der Theologie, der Liturgik oder der Gregorianik. Die pädagogischen Fächer betreffen die Praxis in der Gemeinde, zum Beispiel auch den Bereich der Kinderpädagogik in der Kirchenmusik. Die Wissenschaft der Kirchenmusik beschäftigt sich mit verschiedenen Stilen, die sich im Laufe der Zeit entwickelt haben. Hierzu zählen zum Beispiel die Kirchenlieder, die vor allem bei Gottesdiensten gesungen werden; der gregorianische Choral, die Kantate, die Motette oder das Oratorium. In der katholischen Messe für Verstorbene spielt in der katholischen Liturgie das Requiem eine kirchenmusikalische Rolle. Die Kirchenmusik wird geschichtlich von der Frühzeit der Christen, dem frühen und späten Mittelalter, über die Kirchenmusik der Renaissance, bis hin zur Kirchenmusik des 20. Jahrhunderts beleuchtet. Unterschiede in der Kirchenmusik zeigen sich durch die Kulturregionen, so gibt es zum Beispiel die kirchliche Musik des Abendlandes. Besonderheiten gibt es zum Beispiel auch in der US-amerikanischen Kirchenmusik. Die evangelische Kirchenmusik wurde von Martin Luther begründet, die vor allem auf dem Gemeindegesang ausgelegt ist. Vertonte Evangeliensprüche spielen hier eine wichtige Rolle in der Kirchenmusik.
Im 20. Jahrhundert wurde die evangelische Kirchenmusik durch zahlreiche Erneuerungsprozesse verändert. Hier gibt es seit den 1960ern auch Elemente der Popularmusik, die in die Kirchenmusik mit einspielen. Eine Form der populären afroamerikanischen Kirchenmusik der letzten zwei Jahrhunderte ist die Gospelmusik. In Deutschland kann man an Hochschulen für Musik oder Akademien Kirchmusik studieren. Hier spielt später auch die Musikpädagogik in der Gemeinde eine wichtige praktische Rolle. Die Gemeindeleitungen der Kirchen geben in diesem musikpädagogischen Bereich die Aufgaben vor. Angeboten werden heute Bachelor- und Masterstudiengänge an den Kirchenhochschulen der großen Kirchen und staatlichen Musikschulen, die teilweise die Diplomstudiengänge ablösen. Früher gab es eine Ausbildungsgliederung nach vier Stufen von A-D. Angeboten werden zum Beispiel Bachelor-B-Studiengänge mit einer Regelstudienzeit von acht Semestern. Masterabschlüsse entsprechen dem früheren A-Diplomstudiengang. Die Studiengänge können sich in verschiedene Module mit Zwischenprüfungen aufbauen. Hochschulen, mit Studiengängen Kirchenmusik, sind zum Beispiel in Bayreuth, Tübingen oder in Herford. Gemeindedienst und katholische Kirchenmusik kann man zum Beispiel an der Universität in Erfurt studieren.